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轉錄組測序

轉錄組測序(transcriptome sequencing)的研究對象為特定細胞在某一功能狀態下所能轉錄出來的mRNA的集合,可從整體水平研究基因功能以及基因結構,發現不同生理或者病理狀態下細胞、組織或個體內差異表達的基因。目前已廣泛應用于基礎研究、分子育種、臨床診斷和藥物研發等領域。

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產品介紹

轉錄組測序(transcriptome sequencing)的研究對象為特定細胞在某一功能狀態下所能轉錄出來的mRNA的集合,可從整體水平研究基因功能以及基因結構,發現不同生理或者病理狀態下細胞、組織或個體內差異表達的基因。目前已廣泛應用于基礎研究、分子育種、臨床診斷和藥物研發等領域。

技術路線

測序平臺

Illumina HiSeq平臺,Illumina NextSeq 500平臺

分析內容

有參考基因組轉錄組分析項目

無參考基因組轉錄組分析項目

原始數據整理、過濾及質量評估

原始數據整理

參考基因組注釋整理統計

數據質控

比對結果質控

高質量序列獲取

基因表達量統計

轉錄本拼裝及分析

測序飽和度分析

Unigene 聚類

基因覆蓋均一度分析

Unigene 功能注釋

樣品相關性檢驗

Unigene GO 分類注釋

基因表達模式分布

Unigene eggNOG分類注釋

基因表達差異分析(兩兩樣品間)

Unigene KEGG分類注釋

差異表達雙向聚類分析

Unigene 表達量計算

PCA分析

Unigene表達量密度分布

表達差異基因GO富集分析

Unigene測序飽和度分析

表達差異基因KEGG通路富集分析

Unigene覆蓋均一度分析

表達差異基因聚類分析

樣品相關性檢測

cSNP分析

表達差異 Unigene 檢測(兩兩樣品間)

可變剪切分析

表達差異 Unigene GO富集分析

UTR分析

表達差異 Unigene GOSlim富集分析

新轉錄位點分析

表達差異 Unigene KEGG富集分析

組間共有特有差異基因可視化

表達差異 Unigene 聚類分析

轉錄組可視化平臺搭建

主成分分析

轉錄本表達差異分析

cSNP 分析

外顯子表達差異分析

InDel 分析

蛋白網絡互作分析

SSR 分析

基因組圈圖

ORF 分析

共表達網絡分析

組間共有特有差異基因可視化

比較轉錄組分析

蛋白網絡互作分析


轉錄因子分析


共表達網絡分析


共有、特有差異表達基因分析

結果展示

基因共表達網絡分析:WGCNA(Weighted correlation network analysis)是相關性網絡分析的一種。用于分析不同樣品中高度相關的基因形成的模塊、這些模塊的表征基因(module eigengene)和關鍵節點基因(hub gene)、基因模塊與表型之間的關系等。常用來尋找潛在的生物標記分子(biomarker)或治療靶標。部分結果展示如下:

基因距離聚類                 模塊性狀相關性分析

特征基因分析圖

SNP位點及覆蓋度統計圖

通過Circos 對測序結果作圖,最外圈為拼接結果,從外到內依次為GC比、樣品SNP、測序覆蓋深度。

SNP位點及覆蓋度統計圖

各組差異分析之間共有的差異基因矩陣圖

對角線數字為每次差異分析的差異表達基因數量,其余方框中數字表示兩次差異分析之間的共有差異基因數量。

各組差異分析之間共有的差異基因矩陣圖

組間共有差異基因網絡調控圖

組間共有差異基因分析,不同顏色的圓圈代表不同組的兩兩比較,并列出差異基因,交叉的部分代表不同組之間的共有差異基因。

組間共有差異基因網絡調控圖

 


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外顯子組測序
16S測序(環境微生物多樣性檢測)
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